Madrasah Tsanawiyah Negeri 3 Lampung Selatan adalah merupakan Madrasah Negeri yang terletak di Desa Sidoharjo Kecamatan Way Panji Lampung Selatan, sebelum penegrian adalah merupakan Madrasah swasta dengan nama Madrasah Tsanawiyah Ma’arif.

Pada masa transisi MTs Ma’arif terpisah menjadi 2 (Dua), siswa yang terdaftar di MTs Ma’arif pindah ke lokasi yang baru, sementara MTs Ma’arif yang lama berganti menjadi MTs Nurul Huda.

MTs Nurul Huda menjalani proses pembelajaran dari Tahun Pelajaran 1999/2000 sampai dengan Tahun Pelajaran 2003/2004 semester satu, pada akhirnya berdasarkan Keputusan Menteri Agama Nomor 558 Tahun 2003 Tanggal 30 Desember 2003 tentang Penegrian 250 (Dua Ratus Lima Puluh) Madrasah MTs Nurul Huda Di Negerikan menjadi MTs Negeri Sidoharjo.

MTs Negeri Sidoharjo berdasarkan Surat Keputusan Menteri Agama Republik Indonesia Nomor 365 Tahun 2015 tentang perubahan Madrasah Aliyah Negeri, Madrasah Tsanawiyah Negeri dan Madrasah Ibtidaiyah Negeri di Provinsi Lampung Tanggal 18 November 2015 berubah menjadi MTs Negeri 3 Lampung Selatan.